Наименование научно-технической программы: Разработка и внедрение высокоэффективных геномных технологий в диагностику и прогнозирование  течения и исходов инфекционных заболеваний
Предмет исследования / Исследуемая медицинская технология, метод, средство: Технологии диагностики и прогнозирования  течения и исходов инфекционных заболеваний
Сроки проведения исследования: 2006-2008 годы
Заказчик (спонсор): Министерство здравоохранения Республики Казахстан
№ госрегистрации: 0106РК00418
Код ГРНТИ: 76.29.50, 76.03.39, 76.03.43, 76.29.53
УДК: 616.9:577.21]-036.1-07-08
Организация-исполнитель: Казахский национальный медицинский университет им. С.Д. Асфендиярова
Организации-соисполнители: Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН (ИХБиФМ СО РАН), г.Новосибирск, РФ
Руководитель исследования: д.м.н., профессор Муминов Т.А., ректор КазНМУ
Цель и задачи исследования:

Цель исследования: Поиск новых генетических маркеров и изучение популяционной   вариабельности микобактерий, создание средств высокоэффективной диагностики туберкулеза, определения лекарственной устойчивости и мониторинга циркуляции возбудителя. Изучение генетической предрасположенности к инфекционным   заболеваниям (туберкулез, вирусные гепатиты) населения Республики Казахстан. Разработка  усовершенствованной технологии для диагностики и генотипирования ВГС с использованием ДНК чипов.

Задачи исследования:

1.       Создать коллекцию штаммов  и ДНК микобактерий туберкулеза, выделенных в различных регионах Казахстана.

2.       Поиск мишеней для ПЦР, пригодных для идентификации и дифференциации патогенных микобактерий. . Генотипирование изолятов микобактерий туберкулеза ПЦР-методом (VNTR-типирование -variable number tandem repeat typing) и ПДРФ – методом с использованием гибридизационного зонда на инсерционный элемент IS6110, характерный для микобактерий туберкулезного комплекса.

3.       Изучение генетической предрасположенности к инфекционным   заболеваниям (туберкулез, вирусные гепатиты) населения Республики Казахстан. Изучение генетической предрасположенности к инфекционным   заболеваниям (туберкулез, вирусные гепатиты) населения Республики Казахстан.

4.     Разработка методики анализа вируса гепатита С (ВГС) на сконструированных ДНК чипах.

Резюме результатов исследования:

Создана коллекция Штаммов и ДНК МТ из оазличных регионов РК. Наиболее часто встречаемый генотип имеет VNTR-профиль 42435.

Разработан дизайн ДНК-чипа с участием генотип специфичных зондов (субтипы 1a, 1b, 2a, 2b, 3a, 3b) и содержащий все необходимые контроли.

Получен инновационный патент на сконструированный биочип. вируса гепатита С, так и на систему выявления и постановку анализа.

Получены ДНК-чипы и разработана методика анализа ВГС на конструированных ДНК-чипах на модельных системах, которая представлена в виде протокола.

Заключение и выводы: 2007 год:

  • получены ДНК-чипы и разработана методика анализа ВГС на сконструированных ДНК-чипах на модельных системах, которая представлена в виде протокола;
  • наработаны ПЦР амплификаты 5’-нетранслируемой области гепатита С из клинических образцов.
  • секвенированы ПЦР амплификаты 5’-нетранслируемой области гепатита С из клинических образцов, выделенные из крови больных вирусным гепатитом С, проживающих на территории Казахстана;
  • продемонстрирована возможность использования ДНК-чипов для генотипирования образцов данных больных;
  • все компоненты тест-системы для генотипирования ВГС на испытуемых ДНК-чипах выдерживают изменения температурных и временных сроков хранения;
  • апробированная методика ПЦР-ПДРФ позволяет прогнозировать лекарственную устойчивость к изониазиду с вероятностью 78,4%, а к рифампицину с вероятностью лишь 51,4%;
  • частота встречаемости генотипов изученного полиморфного локуса С+3953Т гена IL1β соответствует закону Харди-Вайнберга (р=0.670320 – контрольная выборка и р=0.324674 – туберкулез);
  • при сравнении распределений генотипов (χ²=0,04; р=0,83905) и частот аллелей (χ²=0,04; р=0,83741) контрольной и исследуемой групп значимых отличий не обнаружено, что может быть связано с отсутствием существенной взаимосвязи исследованного полиморфизма с заболеванием.

Оценка полноты решения: Запланированный объем исследований выполнен.  Получены ДНК-чипы и разработана методика анализа ВГС на сконструированных ДНК-чипах на модельных системах, которая представлена в виде протокола. Продемонстрирована возможность использования ДНК-чипов для генотипирования образцов данных больных. Апробированная методика ПЦР-ПДРФ позволяет прогнозировать лекарственную устойчивость к изониазиду с вероятностью 78,4%, а к рифампицину с вероятностью лишь 51,4%. Изучена частота встречаемости генотипов полиморфного локуса С+3953Т гена IL1β. При сравнении распределений генотипов (χ²=0,04; р=0,83905) и частот аллелей (χ²=0,04; р=0,83741) контрольной и исследуемой групп значимых отличий не обнаружено, что может быть связано с отсутствием существенной взаимосвязи исследованного полиморфизма с заболеванием. Проводятся исследования по определению полиморфных вариантов генов NRAMP1, ИЛ-1Ra, ИЛ-4, ИЛ -6, ИЛ-10, VDR, ФНОα  в популяционной группе населения и у больных туберкулезом и вирусными гепатитами.

Оценка научно-технического уровня НИР в сравнении с лучшими достижениями в данной области: Использование в работе современных молекулярно-генетических методов позволяет считать, что научно-технический уровень НИР соответсвует исследованиям, проводимым в ведущих центрах России и дальнего зарубежья.

Область применения: Медицина, инфекционные болезни
Ключевые слова: Геномные технологии, туберкулез, вирусные гепатиты В и С, генетическая предрасположенность, микобактерии, вирус гепатита С,   MDR-штаммы,  генотипирование, ПЦР, генетическая изменчивость, генодиагностика, чипы, точечные мутации, лечение.
Материалы для скачивания: Отчет по проведенным исследованиям

 

MEDScience.kz
Translate »

Sharing is Caring

Help spread the word. You're awesome for doing it!